A :У Вас могут быть разные корневые директории для разных групп полностью "Автоматически "

например , если в Вашей системе виртуальных файлов (*.vfs) содержатся следующие строки

C:\FTP-root\%g|/|me|admin|744|r|0|0|0|0|0|0|0|0|
C:\FTP-files\music|/music|me|root|744|r|0|0|0|0|0|0|0|0|
C:\FTP-files\video|/video|me|root|744|r|0|0|0|0|0|0|0|0|
C:\FTP-files\school|/school|me|root|744|r|0|0|0|0|0|0|0|0|

Тогда Ваша структура файлов/директорий будет выглядеть так:

C:\
|
+\FTP-root
| |
| +\group1
| | |
| | +\music (пусто)
| | +\video (пусто)
| +\group2
| | |
| | +\music (пусто)
| | +\video (пусто)
| | +\school (пусто)
| +\Другие группы (groups)
|
+\music (файлы тут)
+\video (файлы тут)
+\school (файлы тут)

Любые пустые директории, находящиеся в корневий (ROOT) директории конкретной группы (C:\FTP-Root\group) будут видимы пользователю этой группы. Все остальные директории будут невидимы.

Без разницы, какие значения параметров owner и group у Вас заданы, данная схема будет рабочей.

Так, если к серверу подсоединится пользователь из group1, он увидит только директории music/video, в то время как пользователь group2 будет видеть 3 директории: music/video/school